顔料と染料ですが専門的な事は置いといて、塗りたいものの上に乗っけるのが顔料で、染み込ませるのが染料です。
油性と水性、どちらにも顔料のものと染料のものがあります。
ゴッチャにしないでね。

インクになった時点で液体ですが、顔料は粒子的で液体の中でも粒子があるようなイメージで、染料は超微粒子的で液体に溶け出してるようなイメージです。

顔料は粒子なので隠蔽力があります。
染料は透明性が高いので隠蔽力はほぼない。
鮮やかさは染料の方が高いですね。

退色や変色でみると、顔料が有利で染料が不利な感じだけど、色によってって強いものもあります。
極端に言えば、黒は染料も強いんちゃうか？と思います。
赤や黄色は顔料も弱い（ものが多い）ですね。

なので黒ペンは、染料系水性なのに耐水性のあるペンが存在するんですね。

染料系は、耐水性弱いけど黒だけ耐水性も狙えるみたい。

塗料は有彩色でも耐水性あるじゃん！！
ってなりますよね。
塗料は、耐候性・耐水性を守るためにエマルジョンやいろんなものを合わせてできてるので、完全に乾いてしまえば耐水性も確保できてるのだと思います。